6月2日，深圳医院二期工程项目移交会举行，会议由市工务署副署长黄旭主持，深圳市建筑工务署、深圳市卫健委、南方医科大学深圳医院相关领导及工作人员出席。会上完成了移交工作，此后医院二期工程将进入由市建筑工务署主导的深化设计、概算编报和工程建设管理阶段。
深圳医院二期工程项目总投资33.2亿元，总建筑面积约323072平方米（约为一期工程的两倍），包括一栋住院楼（21层）、一栋门急诊医技综合楼（12层）、一栋科教综合楼（19层），病床数1500张，配套建设公交首末站和地铁接驳通道。二期工程建成后，医院总建筑面积为491476平方米，总床位数将增至2500张。
回顾医院二期发展历程，每一个节点都至关重要。2020年11月5日，市卫健委组织召开南方医科大学深圳医院二期工程可行性研究报告专家咨询会，审议通过停车场建设方案与教学用房设置问题，至此，医院二期工程可研报告正式定稿，并于2020年12月31日正式提交深圳市发改委审批。2021年1月7日，顺利通过医院参加市发改委评审中心组织的二期工程可研报告评审答辩。2021年3月3日，市发改委正式批复南方医科大学深圳医院二期工程可研报告，二期进入工程建设快速推进的快车道。2021年4月6日，医院向设计单位发出二期工程设计方案一级流程确认函，随后马上启动二级流程调整完善工作，目前，相关科室已完成二级流程设计方案图纸确认，下一步，医院将组织院外专家进一步论证。
医院基建工程部表示，将与市建筑工务署密切配合，积极沟通，尽快推进工程动工建设，确保医院发展的中长期功能使用需求能够在二期工程中充分体现，打造一个流程合理化、布局规范化、服务人性化的现代化超大规模综合医院。
